Unterschiede

Hier werden die Unterschiede zwischen zwei Versionen gezeigt.

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de:services:application_services:jupyter:start [2019/10/07 14:50]
bwegman1 [Installation von größeren Python Modulen und Disk Space]
de:services:application_services:jupyter:start [2019/10/07 14:55]
bwegman1
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 Die Verwaltung von Softwarepaketen und Environments mit Conda erfolgt in einer Terminal-Sitzung des Notebook-Servers. Dazu muß nach der Anmeldung am Dienst eine Terminal über ''​New -> Terminal''​ gestartet werden. Die Verwaltung von Softwarepaketen und Environments mit Conda erfolgt in einer Terminal-Sitzung des Notebook-Servers. Dazu muß nach der Anmeldung am Dienst eine Terminal über ''​New -> Terminal''​ gestartet werden.
  
-Bevor mit ''​conda''​ gearbeitet wird, sollten die Conda-Funktionen geladen werden:+Bevor mit ''​conda''​ gearbeitet wird, sollten die Conda-Funktionen geladen werden ​(<​b>​Punkt am Anfang beachten!</​b>​):
 <code bash> <code bash>
-jovyan@bcbde100c399:​~$ ​. /​opt/​conda/​etc/​profile.d/​conda.sh+. /​opt/​conda/​etc/​profile.d/​conda.sh
 </​code>​ </​code>​
  
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 Erstellen und Aktivieren des Environments:​ Erstellen und Aktivieren des Environments:​
 <code bash> <code bash>
-jovyan@bcbde100c399:​~$ ​conda create -y --prefix ./​wikidoku +conda create -y --prefix ./​wikidoku 
-jovyan@bcbde100c399:​~$ ​conda activate ./wikidoku+conda activate ./wikidoku
 </​code>​ </​code>​
 Das nun aktivierte Environment wird dem Notebook-Server bekannt gemacht. ''​--name''​ und ''​--display-name''​ können frei gewählt werden, letzteres wird später in der Auswahl des Notebooks angezeigt. Der zweite Befehl listet alle bekannten Environments auf. Das nun aktivierte Environment wird dem Notebook-Server bekannt gemacht. ''​--name''​ und ''​--display-name''​ können frei gewählt werden, letzteres wird später in der Auswahl des Notebooks angezeigt. Der zweite Befehl listet alle bekannten Environments auf.
 <code bash> <code bash>
-jovyan@bcbde100c399:​~$ ​python -m ipykernel install --user --name wikidoku --display-name "​Python (wikidoku)"​ +python -m ipykernel install --user --name wikidoku --display-name "​Python (wikidoku)"​ 
-jovyan@bcbde100c399:​~$ ​jupyter kernelspec list+jupyter kernelspec list
 </​code>​ </​code>​
 Sollte die Installation des Kernels mit der Fehlermeldung abbrechen ''/​usr/​bin/​python:​ No module named ipykernel'',​ dann muß zuerst das ''​jupyter''​-Module in dem aktuellen Environment installiert werden: Sollte die Installation des Kernels mit der Fehlermeldung abbrechen ''/​usr/​bin/​python:​ No module named ipykernel'',​ dann muß zuerst das ''​jupyter''​-Module in dem aktuellen Environment installiert werden:
 <code bash> <code bash>
-jovyan@bcbde100c399:​~$ ​python -m pip install jupyter+python -m pip install jupyter
 </​code>​ </​code>​
  
 Als nächstes wird beispielhaft das Paket ''​jinja2''​ installiert. An dieser Stelle kann nun beliebig Software aus beliebigen Conda-Channels installiert werden. Abschließend wird das Environment verlassen. Als nächstes wird beispielhaft das Paket ''​jinja2''​ installiert. An dieser Stelle kann nun beliebig Software aus beliebigen Conda-Channels installiert werden. Abschließend wird das Environment verlassen.
 <code bash> <code bash>
-jovyan@bcbde100c399:​~$ ​conda install -y jinja2 +conda install -y jinja2 
-jovyan@bcbde100c399:​~$ ​conda deactivate+conda deactivate
 </​code>​ </​code>​
  
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 Danach erfolgt die Installation der Kernels, des ''​jupyter''​-Moduls für den Kernel und abschließend wird der neue Kernel für den Notebook-Server aktiviert: Danach erfolgt die Installation der Kernels, des ''​jupyter''​-Moduls für den Kernel und abschließend wird der neue Kernel für den Notebook-Server aktiviert:
 <code bash> <code bash>
-jovyan@bcbde100c399:​~$ ​conda install -y python=2.7 +conda install -y python=2.7 
-jovyan@bcbde100c399:​~$ ​python -m pip install jupyter +python -m pip install jupyter 
-jovyan@bcbde100c399:​~$ ​python -m ipykernel install --user --name oldpython --display-name "​Python 2.7 (oldpython)"​+python -m ipykernel install --user --name oldpython --display-name "​Python 2.7 (oldpython)"​
 </​code>​ </​code>​
  
Zeile 147: Zeile 147:
  
 <​code>​ <​code>​
-jovyan@0d5793127e96:​~$ ​ls mynotebooks/​+ls mynotebooks/​
 myfile.txt myfile.txt
-jovyan@0d5793127e96:​~$ ​rsync -av ~/​mynotebooks/​ bbrauns@login.gwdg.de:/​usr/​users/​bbrauns/​mynotebooks/​+rsync -av ~/​mynotebooks/​ bbrauns@login.gwdg.de:/​usr/​users/​bbrauns/​mynotebooks/​
 bbrauns@login.gwdg.de'​s password: bbrauns@login.gwdg.de'​s password:
 sending incremental file list sending incremental file list