{"id":23167,"date":"2023-06-01T07:22:05","date_gmt":"2023-06-01T05:22:05","guid":{"rendered":"https:\/\/info.gwdg.de\/news\/?p=23167"},"modified":"2023-06-01T07:22:05","modified_gmt":"2023-06-01T05:22:05","slug":"sofja-das-neue-hpc-cluster-des-cidbn","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/info.gwdg.de\/news\/sofja-das-neue-hpc-cluster-des-cidbn\/","title":{"rendered":"\u201eSofja\u201c \u2013 das neue HPC-Cluster des CIDBN"},"content":{"rendered":"<p><span dir=\"ltr\" role=\"presentation\">Am 1. M\u00e4rz 2023 wurde das neue HPC-Cluster des G\u00f6ttingen Campus Instituts <\/span><span dir=\"ltr\" role=\"presentation\">f\u00fcr Dynamik biologischer Netzwerke (CIDBN) unter dem Namen \u201eSofja\u201c in <\/span><span dir=\"ltr\" role=\"presentation\">Betrieb genommen. Neben den <\/span><span dir=\"ltr\" role=\"presentation\">obligatorischen auf Performance fokussierten <\/span><span dir=\"ltr\" role=\"presentation\">Benchmarks wurden im Rahmen der Ausschreibung zus\u00e4tzlich eine Reihe von <\/span><span dir=\"ltr\" role=\"presentation\">Nachhaltigkeitsaspekten explizit einbezogen. Das HPC-Cluster \u2013 ein weiteres <\/span><span dir=\"ltr\" role=\"presentation\">von der GWDG gehostetes System \u2013 wird \u00fcber seine Laufzeit mit Strom aus<\/span><span dir=\"ltr\" role=\"presentation\">schlie\u00dflich regenerativen Ursprungs betrieben.<\/span><\/p>\n<h3>DAS CIDBN<strong>\u00a0<\/strong><\/h3>\n<h4>\u00dcber das Institut<\/h4>\n<p>Das G\u00f6ttingen Campus Institut f\u00fcr Dynamik biologischer Netzwerke (CIDBN) [1] ist eine zentrale wissenschaftliche Einrichtung der Georg-August-Universit\u00e4t G\u00f6ttingen, die gemeinsam von der Universit\u00e4t und der Universit\u00e4tsmedizin sowie dem Max-Planck-Institut f\u00fcr Dynamik und Selbstorganisation getragen wird, mit Beteiligung der Gesellschaft f\u00fcr wissenschaftliche Datenverarbeitung mbH G\u00f6ttingen (GWDG) und des Deutschen Primatenzentrums (DPZ).<\/p>\n<p>Zu den Aufgaben des CIDBN geh\u00f6rt es [2], die theoriegeleitete Erforschung der Dynamik biologischer Netzwerke voranzutreiben und neue Forschungsstrategien zu entwickeln, die computergest\u00fctzte, mathematische und experimentelle Ans\u00e4tze integrieren, und diese schlie\u00dflich durch transdisziplin\u00e4re Forschungsprojekte am G\u00f6ttingen Campus und dar\u00fcber hinaus zu etablieren. Sein Ziel ist es, damit einen Grundstein f\u00fcr die Expansion der Simulations- und Datenwissenschaft am G\u00f6ttingen Campus zu legen und die Nachwuchsf\u00f6rderung im Bereich der interdisziplin\u00e4ren Erforschung biologischer Netzwerke zu unterst\u00fctzen.<\/p>\n<h4>HPC im CIDBN<\/h4>\n<p>Die Inbetriebnahme des CIDBN-eigenen HPC-Clusters stellt sicher, dass die f\u00fcr die Forschung des Instituts n\u00f6tigen Simulationen, Berechnungen und Auswertungen experimenteller Daten durchgef\u00fchrt werden k\u00f6nnen. Dar\u00fcber hinaus erm\u00f6glicht das HPC-Cluster die Weiterentwicklung der verwendeten Algorithmen, Codepflege, Performanceoptimierung und Parallelisierung inklusive n\u00f6tiger Skalierungstests unter Realbedingungen und l\u00e4sst dabei eine Priorisierung gegen\u00fcber anderen Routineberechnungen zu. Ziel ist sowohl die effizientere Nutzung der Rechnerressourcen in Produktionsl\u00e4ufen, als auch die Vorbereitung f\u00fcr Projekte auf gr\u00f6\u00dferen Rechnern wie den NHR-Systemen \u201eEmmy\u201c und \u201eGrete\u201c. F\u00fcr die kommenden Jahre bildet das HPC-Cluster somit die Basis f\u00fcr die Fortentwicklung des High-Performance Computing (HPC) im CIDBN.<\/p>\n<h3>DAS HPC-CLUSTER<\/h3>\n<h4>\u00dcberblick<\/h4>\n<p>Der Auftrag f\u00fcr das Cluster wurde an die Firma SVA System Vertrieb Alexander GmbH vergeben, die einen Aufbau aus Server- und Storagesystemen der Firma Dell mit AMD-Prozessoren angeboten hat. Es handelt sich dabei um<\/p>\n<ul>\n<li>2 Zugangsknoten<\/li>\n<li>30 Compute-Knoten (insgesamt 840 Cores)<\/li>\n<li>Mellanox HDR100-InfiniBand-Netzwerk<\/li>\n<li>Mehr als 500 TiB lokaler Storage f\u00fcr ein BeeGFS-Scratchdateisystem, davon mehr als 100 TiB als NVMe<\/li>\n<\/ul>\n<h4>Technische Details<\/h4>\n<p>Die leistungsstarken Cluster-Komponenten sind in Tabelle 1 dargestellt. Das System ist in zwei Racks untergebracht (siehe Abbildungen 1, 2 und 3), wovon das eine mit 486 kg und das andere mit 631 kg Hardware best\u00fcckt ist. Die elektrische Leistung der Hardware betr\u00e4gt 19.060 W bzw. 15.414 W. Am Standort in der ehemaligen FMZ der Universit\u00e4t waren hinsichtlich der K\u00fchlleistung die Vorgaben der GWDG zu ber\u00fccksichtigen. Entsprechend wurden die Racks bei der Ausschreibung spezifiziert.<\/p>\n<p>Dem Cluster ist ein Switch vorgelagert, der nach au\u00dfen die Verkn\u00fcpfung mit dem GWDG-Backbone-Netzwerk \u00fcber zwei 100-Gbps-Ethernet-Verbindungen herstellt. An diesem Switch sind nach innen die redundant ausgelegten Ethernet-InfiniBand-<\/p>\n<table style=\"height: 771px;\" width=\"630\">\n<tbody>\n<tr>\n<td width=\"54\"><strong>ANZAHL<\/strong><\/td>\n<td width=\"89\"><strong>KOMPONENTE<\/strong><\/td>\n<td width=\"375\"><strong>SPEZIFIKATIONEN<\/strong><\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td width=\"54\">2<\/td>\n<td width=\"89\">Zugangsknoten<\/p>\n<p>Dell PowerEdge R6515<\/td>\n<td width=\"375\">1 x AMD-EPYC 7713P 2,0 GHz 64 Cores; 512 GB RAM; 480 GB SSD; Mellanox ConnectX-5 2 Ports 10\/25 GbE<\/p>\n<p>SFP28-Adapter; Mellanox ConnectX-6 1 Port HDR100 QSFP56 InfiniBand-Adapter<\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td width=\"54\">30<\/td>\n<td width=\"89\">Rechenknoten<\/p>\n<p>Dell PowerEdge R6525<\/td>\n<td width=\"375\">2 x AMD-EPYC 7763 2,45 GHz 64 Cores; 512 GB RAM; 480 GB SSD; Mellanox ConnectX-6 1 Port HDR100<\/p>\n<p>QSFP56 InfiniBand-Adapter<\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td width=\"54\">2<\/td>\n<td width=\"89\">Gatewayserver<br \/>\nDell PowerEdge R6515<\/td>\n<td width=\"375\">1 x AMD-EPYC 7232P 3,1 GHz 8 Cores; 64 GB RAM; 480 GB SSD; Mellanox ConnectX-6 1 Port HDR100 QSFP56<\/p>\n<p>InfiniBand-Adapter<\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td width=\"54\">3<\/td>\n<td width=\"89\">Fileserver<br \/>\nDell PowerEdge R7525<\/td>\n<td width=\"375\">2 x AMD-EPYC 75F3 2,95 GHz 32 Cores; 512 GB RAM; 16 x 7,68 TB NVMe; 2 x Mellanox ConnectX-6 1 Port HDR<\/p>\n<p>VPI InfiniBand-Adapter<\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td width=\"54\">2<\/td>\n<td width=\"89\">Storagesystem Dell EMC ME4084<\/td>\n<td width=\"375\">84 x 4 TB-SAS Hard Drives<\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td width=\"54\">1<\/td>\n<td width=\"89\">Infiniband-Switch<br \/>\n40-Anschluss Mellanox Quantum QM8700<\/td>\n<td width=\"375\">40 x HDR InfiniBand QSFP56<\/td>\n<\/tr>\n<\/tbody>\n<\/table>\n<p>Tabelle 1: Cluster-Komponenten<\/p>\n<figure id=\"attachment_23168\" aria-describedby=\"caption-attachment-23168\" style=\"width: 241px\" class=\"wp-caption alignnone\"><a href=\"https:\/\/info.gwdg.de\/news\/wp-content\/uploads\/2023\/06\/1_Aussenansicht.png\" class=\"external\" rel=\"nofollow\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" class=\"size-full wp-image-23168\" src=\"https:\/\/info.gwdg.de\/news\/wp-content\/uploads\/2023\/06\/1_Aussenansicht.png\" alt=\"\" width=\"251\" height=\"297\" \/><\/a><figcaption id=\"caption-attachment-23168\" class=\"wp-caption-text\">1_ Au\u00dfenansicht der beiden Racks<\/figcaption><\/figure>\n<p>Gatewayserver mit 2 x 100-Gbps-Ethernet-Ports angebunden. \u00dcber diese Server wird der Remote-Zugriff vom GWDG-Netzwerk auf das BeeGFS-Storage-System des Clusters erm\u00f6glicht. Die Zugangsknoten sind jeweils durch redundante 25-Gbps-Ethernetverbindungen direkt am selben Switch angeschlossen. S\u00e4mtliche Zugangs-, Compute- und Storageknoten sind \u00fcber je einen IB-HDR100-Port an den InfiniBand-HDR-Switch angebunden. Die Verbindung der Compute-, Zugangs-, Storage- und Gatewayknoten erfolgt jeweils mit zwei 1-Gbps\/RJ45-Ports an einen von zwei Management Switches. Die Management-Switches sind \u00fcber jeweils zwei 10-Gbps-Uplink-Ports mit dem dem Cluster vorgelagerten Switch verbunden.<\/p>\n<figure id=\"attachment_23170\" aria-describedby=\"caption-attachment-23170\" style=\"width: 511px\" class=\"wp-caption alignnone\"><a href=\"https:\/\/info.gwdg.de\/news\/wp-content\/uploads\/2023\/06\/2_Ru\u0308ckansicht.png\" class=\"external\" rel=\"nofollow\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" class=\"size-full wp-image-23170\" src=\"https:\/\/info.gwdg.de\/news\/wp-content\/uploads\/2023\/06\/2_Ru\u0308ckansicht.png\" alt=\"\" width=\"521\" height=\"620\" \/><\/a><figcaption id=\"caption-attachment-23170\" class=\"wp-caption-text\">2_R\u00fcckansicht eines der Racks mit ge\u00f6ffneter R\u00fcckwand<\/figcaption><\/figure>\n<h4>Der Name des Clusters<\/h4>\n<p>\u201eIch hei\u00dfe, also bin ich.\u201c Das gilt f\u00fcr alle gro\u00dfen Dinge, weshalb auch das Cluster des CIDBN nun einen Namen bekommen hat. Zur Namensfindung hat das CIDBN ein zweistufiges Verfahren gew\u00e4hlt. In einem ersten Schritt hatte das CIDBN auf seiner Webseite \u00f6ffentlich zu Vorschl\u00e4gen f\u00fcr einen Namen aufgerufen. Zusammen mit dem Vorschlag sollte auch eine erkl\u00e4rende Beschreibung abgegeben werden. Aus den eingereichten Vorschl\u00e4gen wurden im Vorstand des CIDBN drei ausgew\u00e4hlt, unter denen in einer zweiten \u00f6ffentlichen Abstimmung mehrheitlich f\u00fcr den Namen \u201eSofja\u201c gestimmt worden ist.<\/p>\n<p>Dies geschieht zu Ehren von Sofja Vasilyejna Kovalevskaja, die 1874 als zweite Frau in G\u00f6ttingen promoviert worden ist. Bemerkenswert ist, dass die Universit\u00e4t G\u00f6ttingen zu dieser Zeit die Fle- xibilit\u00e4t hatte, dies zu erm\u00f6glichen. In ihrer Dissertation setzte sie sich mit partiellen Differentialgleichungen auseinander. Diese Klasse von Gleichungen spielt auch in der Modellierung dynamischer Systeme eine Rolle, so dass hier wiederum ein Bogen zu den Forschungsfeldern geschlagen wird, in denen das CIDBN sich bewegt.<\/p>\n<h4>Pandemieeffekte<\/h4>\n<p>Die COVID-19-Pandemie hat sich leider auch auf die Beschaffung des Clusters ausgewirkt. Lieferschwierigkeiten bei einzelnen Komponenten haben den Aufbau des Systems verz\u00f6gert.<\/p>\n<figure id=\"attachment_23172\" aria-describedby=\"caption-attachment-23172\" style=\"width: 511px\" class=\"wp-caption alignnone\"><a href=\"https:\/\/info.gwdg.de\/news\/wp-content\/uploads\/2023\/06\/3_Ru\u0308ckseitige-Verkabelung.png\" class=\"external\" rel=\"nofollow\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" class=\"size-full wp-image-23172\" src=\"https:\/\/info.gwdg.de\/news\/wp-content\/uploads\/2023\/06\/3_Ru\u0308ckseitige-Verkabelung.png\" alt=\"\" width=\"521\" height=\"389\" \/><\/a><figcaption id=\"caption-attachment-23172\" class=\"wp-caption-text\">3_R\u00fcckseitige Verkabelung<\/figcaption><\/figure>\n<h3>AUSSCHREIBUNG<\/h3>\n<h4><strong>\u00a0<\/strong>Nachhaltigkeit in der Ausschreibung<\/h4>\n<p>Bei der Ausschreibung f\u00fcr ein solches System gibt es feste Limits, die durch Budgets f\u00fcr Investition und laufenden Betrieb oder auch durch technische Voraussetzungen \u2013 wie beispielsweise die verf\u00fcgbare K\u00fchlleistung \u2013 vorgegeben sind. Innerhalb dieser Parameter kann mithilfe von Benchmarks die Performance des Systems bestimmt werden, wodurch ein solches System technisch und wirtschaftlich optimiert wird. Als festes Limit sei hier die Ma\u00dfgabe, den vorab als maximal zul\u00e4ssig definierten Stromverbrauch nicht zu \u00fcberschreiten, genannt.<\/p>\n<p>Nach wie vor werden bei der Gewinnung von Rohstoffen und der Erzeugung von Energie in zu hohem Ma\u00dfe sowohl Menschen als auch die Umwelt ausgebeutet. Es war daher nur zeitgem\u00e4\u00df, sich hier verantwortungsbewusst zu verhalten und die Ausschreibung in Hinblick auf Fairness- und Umweltkriterien zu gestalten. F\u00fcr das CIDBN ist das Thema Nachhaltigkeit auch in der For- schungsinfrastruktur entscheidend.<\/p>\n<h4>Sozialvertr\u00e4gliche Beschaffungsstandards<\/h4>\n<p>Folglich wurde bei der Beschaffung des Systems das Thema sozialvertr\u00e4glicher Beschaffungsstandards explizit zu einem Auswahlkriterium gemacht. Dabei wurde u. a. gefordert, dass sich die Bieter verpflichten, im Sinne der OECD-Leitlinien zur F\u00f6rderung verantwortungsvoller Lieferketten f\u00fcr Minerale aus Konfliktund Hochrisikogebieten [3], entsprechende Sorgfaltspflichten zu ergreifen, einzuhalten und zu dokumentieren.<\/p>\n<p>Ferner sollten die Arbeits- und Sozialstandards der Internationalen Arbeitsorganisation (ILO) [4] bei der Herstellung der Komponenten eingehalten werden. Diesbez\u00fcgliche Aussagen waren ebenfalls in der Ausschreibung gefordert.<\/p>\n<p>Die Ausschreibung f\u00fcr das System war unter diesen Gesichtspunkten ein Pilotversuch und die Kriterien waren nicht standardisiert. Jede Ausschreibung ist z. B. bei der Formulierung geeigneter Kriterien individuell, doch gerade wegen der schieren Menge an Details w\u00e4re eine zumindest universit\u00e4tsweite Standardisierung w\u00fcnschenswert. Zuk\u00fcnftige Beschaffungen, nicht nur auf den HPC-Bereich beschr\u00e4nkt, m\u00f6gen das aufgreifen und noch weiter verfeinern.<\/p>\n<p>Zum Thema Nachhaltigkeit in Ausschreibungen sei hier exemplarisch auf Ver\u00f6ffentlichungen wie Leitlinien das Beschaffungsamtes des BMI [5] bzw. bei Beispielen [6] auf WEED \u2013 Weltwirtschaft, \u00d6kologie &amp; Entwicklung e. V. [7] verwiesen.<\/p>\n<h3>BETRIEB<strong>\u00a0<\/strong><\/h3>\n<h4>Betriebskonzept<\/h4>\n<p>Bei der Konzeption des Clusters waren die spezifischen Anforderungen des CIDBN gegen die m\u00f6glichen Hostingvarianten der GWDG, die sich im Wesentlichen in der Integrationstiefe in die HPC-Umgebung der GWDG respektive des Scientific Compute Clusters (SCC) unterscheiden, abzuw\u00e4gen. Von Seiten des CIDBN spielten dabei u. a. folgende Aspekte eine Rolle:<\/p>\n<ul>\n<li>Ein f\u00fcr dieses Cluster dediziertes Scratchdateisystem macht es unabh\u00e4ngig von der weiteren HPC-Umgebung der<\/li>\n<li>Die Integration in das bestehende Batchsystem bei gleichzeitiger Freiheit bei der Festlegung der Limits f\u00fcr Jobs auf dem Cluster erm\u00f6glicht die zuverl\u00e4ssige<\/li>\n<li>Ein zur HPC-Umgebung der GWDG identisches Betriebssystem erleichtert die Portabilit\u00e4t von<\/li>\n<li>CIDBN-weit genutzte Software ist auch ohne Root-Zugang<\/li>\n<li>Der Zugang ist auf Nutzer*innen beschr\u00e4nkbar, die das CIDBN<\/li>\n<\/ul>\n<p>Das System ist mithin keine isolierte Insel, geht aber auch nicht vollst\u00e4ndig in der HPC-Umgebung der GWDG auf. Damit war der Betrieb in der HPC-Umgebung mit Integration in die bestehenden Netze die Variante der Wahl. Betriebssystem, Standardsoftware und Slurm als Batchsystem sind identisch zum lokalen Scientific Compute Cluster, wodurch der Administrationsaufwand gering gehalten wird.<\/p>\n<h4>Gr\u00fcner Strom<\/h4>\n<p>Nachhaltigkeit in der Spitzenforschung bedeutet beim Betrieb des HPC-Systems dessen Klimaneutralit\u00e4t. Darum wird das CIDBN \u00fcber den Lieferanten der Universit\u00e4t G\u00f6ttingen Strom beziehen, der ausschlie\u00dflich aus erneuerbaren Energien stammt. Dieser Naturstrom unter dem \u201eGr\u00fcner Strom Label\u201c f\u00f6rdert den Bau regenerativer Anlagen \u00fcber ein Teil des Geldes unmittelbar und erm\u00f6glicht so deren Ausbau. Auch diese Option sollte bei zuk\u00fcnftigen Beschaf- fungen schon in der Planungsphase ber\u00fccksichtigt werden.<\/p>\n<p>LINKS<\/p>\n<ul>\n<li><a href=\"https:\/\/www.uni-goettingen.de\/de\/608362.html\" class=\"external\" rel=\"nofollow\"><em>https:\/\/www.uni-goettingen.de\/de\/608362.html<\/em><\/a><\/li>\n<li><a href=\"https:\/\/www.uni-goettingen.de\/de\/608365.html\" class=\"external\" rel=\"nofollow\"><em>https:\/\/www.uni-goettingen.de\/de\/608365.html<\/em><\/a><\/li>\n<li><a href=\"https:\/\/www.oecd.org\/publications\/oecd-leitfaden-fur-die-erfullung-der-sorgfaltspflicht-zur-forderung-verantwortungsvoller-lieferketten-fur-minerale-aus-konflikt-3d21faa0-de.htm\" class=\"external\" rel=\"nofollow\"><em>https:\/\/www.oecd.org\/publications\/oecd-leitfaden-fur-die-erful<\/em><em>lung-der-sorgfaltspflicht-zur-forderung-verantwortungsvoller-<\/em><em>lieferketten-fur-minerale-aus-konflikt-3d21faa0-de.htm<\/em><\/a><\/li>\n<li><a href=\"https:\/\/www.ilo.org\/\" class=\"external\" rel=\"nofollow\"><em>https:\/\/www.ilo.org<\/em><\/a><\/li>\n<li><a href=\"https:\/\/www.nachhaltige-beschaffung.info\/DE\/Home\/home_node.html\" class=\"external\" rel=\"nofollow\"><em>https:\/\/www.nachhaltige-beschaffung.info\/DE\/Home\/home_<\/em><\/a> <a href=\"https:\/\/www.nachhaltige-beschaffung.info\/DE\/Home\/home_node.html\" class=\"external\" rel=\"nofollow\"><em>html<\/em><\/a><\/li>\n<li><a href=\"https:\/\/www2.weed-online.org\/uploads\/praxisleitfaden_it_beschaffung_2_auflage_web.pdf\" class=\"external\" rel=\"nofollow\"><em>https:\/\/www2.weed-online.org\/uploads\/praxisleitfaden_it_<\/em><em>beschaffung_2_auflage_web.pdf<\/em><\/a><\/li>\n<li><a href=\"https:\/\/www.weed-online.org\/index.html\" class=\"external\" rel=\"nofollow\">https:\/\/www.weed-online.org\/index.html<\/a><\/li>\n<\/ul>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<p>Anmerkung: Alle Links wurden zuletzt am 27.03.2023 aufgerufen.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Am 1. 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