Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revision Previous revision
en:services:application_services:high_performance_computing:running_jobs_slurm [2019/05/03 08:05]
mboden [Table]
en:services:application_services:high_performance_computing:running_jobs_slurm [2019/05/03 08:09] (current)
mboden [Table]
Line 314: Line 314:
 This is a short guide on how to convert the most common options in your jobscripts from LSF to Slurm. This is a short guide on how to convert the most common options in your jobscripts from LSF to Slurm.
  
-^ Description ​                    ^ LSF                   ​^ Slurm                      ^ Comment ​                                                                       +^ Description ​                    ^ LSF                    ^ Slurm                         ​^ Comment ​                                                                                                                                                                                      ​
-| Submit job                      | bsub < job.sh ​        ​| sbatch job.sh ​             | No < in Slurm! ​                                                                ​+| Submit job                      | bsub < job.sh ​         | sbatch job.sh ​                ​| No < in Slurm! ​                                                                                                                                                                               
-| Scheduler Comment in Jobscript ​ | #BSUB -...            | #SBATCH -...               ​                                                                               +| Scheduler Comment in Jobscript ​ | #BSUB -...             ​| #SBATCH -...                                                                                                                                                                                                                ​
-| Queue/​Partition ​                | -q <​queue> ​           | -p <​partition> ​            ​                                                                               +| Queue/​Partition ​                | -q <​queue> ​            ​| -p <​partition> ​                                                                                                                                                                                                             ​
-| Walltime ​                       | -W 48:00              | -t 2-00:​00:​00 ​             | -t 48:00 means 48 min.                                                         ​+| Walltime ​                       | -W 48:00               ​| -t 2-00:​00:​00 ​                ​| -t 48:00 means 48 min.                                                                                                                                                                        
-| Job Name                        | -J <​name> ​            ​| -J <​name> ​                                                                                                +| Job Name                        | -J <​name> ​             | -J <​name> ​                    ​                                                                                                                                                                                              ​
-| Stdout ​                         | -o <​outfile> ​         | -o <​outfile> ​              ​| %J substituted for JobID                                                       ​+| Stdout ​                         | -o <​outfile> ​          ​| -o <​outfile> ​                 | %J substituted for JobID                                                                                                                                                                      
-| Stderr ​                         | -e <​errfile> ​         | -e <​errfile> ​              ​| %J substituted for JobID                                                       ​+| Stderr ​                         | -e <​errfile> ​          ​| -e <​errfile> ​                 | %J substituted for JobID                                                                                                                                                                      
-| #​Jobslots ​                      | -n #                  | -n #                       ​                                                                               +| #​Jobslots ​                      | -n #                   ​| -n #                                                                                                                                                                                                                        ​
-| One Host                        | -R "​span[hosts=1]" ​   | -N 1                       ​                                                                               +| One Host                        | -R "​span[hosts=1]" ​    ​| -N 1                                                                                                                                                                                                                        ​
-| Process Distribution ​           | -R "​span[ptile=<​x>​]" ​ | %%--ntasks-per-node x%%                                                                                   +| Process Distribution ​           | -R "​span[ptile=<​x>​]" ​  ​| %%--ntasks-per-node x%%       ​                                                                                                                                                                                              ​
-| Exclusive Node                  | -x                    | %%--exclusive%% ​                                                                                          +| Exclusive Node                  | -x                     ​| %%--exclusive%% ​              ​                                                                                                                                                                                              ​
-| Scratch ​                        | -R scratch[2] ​        ​| -C "​scratch[2]" ​                                                                                          +| Scratch ​                        | -R scratch[2] ​         | -C "​scratch[2]" ​              ​                                                                                                                                                                                              ​
-^ Queue -> Partition Conversion ​                                                                                                                                     |||| +^ Queue -> Partition Conversion ​                                                                                                                                                                                                                                                        ​|||| 
-| General Purpose ​                | -q mpi                | -p medium ​                                                                                                +| General Purpose ​                | -q mpi                 ​| -p medium ​                    ​                                                                                                                                                                                              ​
-|                                 | -q mpi-short ​         | -p medium %%--qos=short%% ​                                                                                +|                                 | -q mpi-short ​          ​| -p medium %%--qos=short%% ​    ​                                                                                                                                                                                              ​
-|                                 | -q mpi-long ​          ​| -p medium %%--qos=long%% ​  ​                                                                               +|                                 | -q mpi-long ​           | -p medium %%--qos=long%% ​                                                                                                                                                                                                   ​
-|                                 | -q fat                | -p fat                     ​                                                                               +|                                 | -q fat                 ​| -p fat                                                                                                                                                                                                                      ​
-|                                 | -q fat-short ​         | %%-p fat --qos=short%% ​    ​                                                                               +|                                 | -q fat-short ​          ​| %%-p fat --qos=short%% ​                                                                                                                                                                                                     ​
-|                                 | -q fat-long ​          ​| %%-p fat --qos=long%% ​                                                                                    +|                                 | -q fat-long ​           | %%-p fat --qos=long%% ​        ​                                                                                                                                                                                              ​
-|                                 | -q int                | -p int -n 20 -N 1          | Don't forget -n 20 -N 1, otherwise, you will only get access to a single core  |+|                                 ​| ​-ISs -q int /​bin/​bash  ​| -p int -n 20 -N 1 --pty bash  ​| Don't forget -n 20 -N 1, otherwise, you will only get access to a single core. Fore more Detail See [[en:​services:​application_services:​high_performance_computing:​interactive_queue:​|here]]. ​ |
  
 =====  Getting Help  ===== =====  Getting Help  =====