UNIX/Linux-Dialogserver

Login-Server

  • gwdu19.gwdg.de (Alias: login.gwdg.de), Betriebssystem: Ubuntu 16.04.6 LTS; allgemeiner Login-Server der GWDG
  • gwdu20.gwdg.de, Betriebssystem: FreeBSD UNIX
  • gwdu60.gwdg.de, Betriebssystem: FreeBSD UNIX
  • gwdu100.gwdg.de (Alias: bioinfo.gwdg.de), Betriebssystem: Scientific Linux; Bioinformatik-Server mit vielen Programmen der Bioinformatik und der allgemeinen Statistik (Bitte beachten: Für die Nutzung des Servers ist ein GWDG-Account mit HPC-Zulassung nötig.)
  • gwdu101.gwdg.de, gwdu102.gwdg.de und gwdu103.gwdg.de, Betriebssystem: Scientific Linux (ein freier RedHat Klon); fungieren als Frontend-Rechner unseres High-Performance-Compute-Clusters (Bitte beachten: Für die Nutzung des HPC-Clusters muss ein GWDG-Account vorher speziell registriert werden).

Login und Verbindungsaufbau

Die einfache ASCII-Terminalverbindung via SSH ist bei allen vorstehend genannten Servern möglich. Da einige Anwendungsprogramme über eine Benutzeroberflächer verfügen oder die Eingabe- und Ausgabedateien grafisch sind, ist die generelle Verwendung eines grafischen Terminals sinnvoll. In diesem Fall wird auf Seiten des lokalen Rechners ein XWindow-Terminal-Server benötigt:

Bei UNIX- oder Linux-Rechnern gehört der XWindow-Terminal-Server zum Betriebssystem und grafische Verbindungen können auf der Kommandozeile wie folgt erzeugt werden: ssh -Y -l user_name login.gwdg.de

Bei Macintosh-Computern muss ein XWindow-Terminal-Server vorher installiert werden, die Freeware XQuartz ist z. B. dafür gut geeignet.

Bei Computern mit einem MS-Windows-Betriebssystem muss ebenfalls vorher ein XWindow-Terminal-Server installiert sein. Unseren Göttinger Nutzern können wir auf Grundlage unserer Campuslizenz für XWin32 diese Software in der Regel kostenlos anbieten. Selbstverständlich ist eine Konfiguration von Xwindows hinsichtlich der verwendeten Farben und Schriftart möglich.

Datenübertragung zwischen lokalem PC und UNIX/Linux-Remoterechner

Generell kann ein Remoterechner nur mit den an ihm angeschlossenen Filesystemen arbeiten, weshalb es in der Regel notwendig ist, Ein- und Ausgabedateien vom lokalen PC zum Remoterechner zu übertragen. In den meisten Fällen ist das Ziel dabei, Ein- und Ausgabedateien auf dem sog. UNIX-Linux-Homedirectory (/usr/users/meine_userid) zu speichern. Abhängig vom Betriebsystem des lokalen PCs kann dies auf verschiedene Art und Weise geschehen.

Lokaler UNIX/Linux-PC

Hier können ohne weitere Softwareinstallation Kommandozeilen-Befehle benutzt werden wie scp, sftp oder sshfs, um eine verschlüsselten Datentransport zu gewährleisten (hier am Beispiel des Users kmuster):

scp -p my_local_file kmuster@login:/usr/users/kmuster/remote_dir
scp -rp my_local_dir kmuster@login:/usr/users/kmuster/remote_dir

Für SFTP oder SSHFS schauen Sie bitte in der Manpage nach.

Macintosh PC

Im Fall von Macintosh-Computern finden Sie detaillierte Information auf den entsprechenden Webseiten des MacHelp-Teams der GWDG.

MS-Windows-PC

Bei MS-Windows-PCs gibt es zwei grundsätzliche Alternativen, beide mit grafischer Oberfläche:

Nach dem Verbindungsaufbau der Freeware WinSCP ( Download) können Sie in einem Zweifenster-Modus (Ordner des lokalen PCs und Ordner des entfernten Servers) zwischen den Fenster per Tastatur und Mouse-Bedienung Dateien verschieben, löschen, kopieren etc. Authentifizierung und Datentransport werden bei WinSCP verschlüsselt durch das SFTP-Protokoll abgewickelt. Grundsätzlich ist dabei eine Verbindung zu jedem Dialogserver (z. B. login.gwdg.de, gwdu20.gwdg.de oder gwdu60.gwdg.de) möglich und jedes dort existierende Filesystem kann dabei angesprochen werden, sofern man darauf Zugriffsrechte hat.

Noch etwas komfortabler in der Handhabung ist eine Verbindung zum GWDG-SAMBA-Server. Dieser erlaubt die Einbindung der UNIX/Linux-Homedirectory eines Users als Netzlaufwerk unter Windows, wobei alle üblichen Funktionen von Ordnern und Dateien möglich gemacht werden (Verschieben mit drag-and-drop, Dopple-Klick-Optionen, Kontextmenü durch den rechten Mausklick etc.). Aber bitte beachten Sie, dass nur die Authentifizierung, nicht aber der Datentransport verschlüsselt sind. Eine solche Netzlauferkverbindung mit Hilfe des SAMBA-Servers geschieht z. B. unter Windows 7 wie folgt:

Im Explorer das Menü „Extras“ aufklappen und „Netzlaufwerk verbinden …“ auswählen. Dort wählt man einen der Laufwerksbuchstaben aus (meistens wird hier „U“ ausgewählt) und gibt als Netzwerkpfad \\samba.gwdg.de\gwdg_username ein. Falls man mit seinem PC nicht im Active Directory der GWDG verankert ist oder sich nicht mit dem gleichen Usernamen und Passwort an seinem lokalen PC einloggt, dann muss man noch „Verbindungen mit anderen Anmeldeinformationen herstellen“ auswählen und sich dann nach dem Abschicken authentifizieren. In beiden Fällen wird eine solche Netzlaufwerksverbindung bei jeder Anmeldung am PC automatisch wieder hergestellt, wenn man das entsprechende Häkchen im Dialogfeld nicht abschaltet.

Editoren

Da sich ärgerlicherweise die Kodierung des Zeilenendes bei ASCII-Dateien zwischen den verschiedenen Betriebssystemen (Macintosh, MS Windows und UNIX/Linux) etwas unterscheidet, benötigt man zur Editierung oder zum Erzeugen von UNIX/Linux-konformen ASCII-Dateien Editoren, die damit korrekt umgehen können. Hierzu kann man entweder Editoren unter UNIX/Linux benutzen oder spezielle Editoren für das lokale Windows-Betriebssystem, die man aber erst noch nachinstallieren muss.

Editoren unter UNIX/Linux

EMACS ist ein klassicher Editor, der sowohl für kleine wie auch sehr große Dateien (bis hinzu 2 GB) funktioniert. Der EMACS läuft sowohl in einem einfachen ASCII-Terminalfenster (emacs datei_name) als auch in einem XWindow (emacs datei_name &), bei letzterem dann mit voller Mausunterstützung. Der EMACS kann aber auch ganz alleine mit der Tastatatur bedient werden, was ihn bei geübten Benutzern beliebt macht. EMACS und der ähnliche rein grafische Xemacs (xemacs datei_name &) benötigen allerdings ziemlich viel Bandbreite bei der Netzwerkverbindung (> 10 MBit/s!).

Xedit (xedit datei_name &) - ein rein grafischer Editor wie der Xemacs, aber ungleich schlanker und schneller, ist ein Editor, der noch bei schwachen DSL-Leitungen gute Dienste tut.

Nano (nano datei_name) ein sehr schneller, aber nicht-grafischer Editor bringt sein Steuerbefehle unten eingeblendet gleich mit und ist deswegen für Einsteiger eine gute Wahl, wenn es sich um kleinere Dateien und Skripte handelt.

„Joe's Own Editor“ (joe datei_name) ist sehr ähnlich dem Nano und eignet sich ebenfalls insbesondere für Skripte.

Der VI (vi datei_name) ist der älteste Editor und gleichermassen geliebt und gehasst. Weil er in der Handhabung sehr gewöhnungsbedürftig ist, ist er für Einsteiger nicht zu empfehlen, s. a. den Wikipedia-Eintrag zu VI.

Für alle vorgenannten Editoren finden sich im Internet Manpages und Tutorials, z. B.: emacs, Xedit, Nano, joe, vi.

Editoren für MS-Windows-Betriebssysteme

Unter MS Windows gibt einige frei verfügbare Editoren, die mit ASCII-Dateien aller drei Typen (MacOS, MS Windows, UNIX/Linux) korrekt und komfortabel umgehen können: z. B. notepad++ (GPL-Lizenz), EditPad Lite (frei für nicht-kommerzielle Verwendung).

Editieren unter Macintosh

Macintosh-User können den mit dem Betriebssystem mitgelieferten Editor „Text“ für UNIX/Linux-ASCII-Dateien benutzen, denn das dem MacOS zu Grunde liegende Betriebssystem Darwin ist selbst ein UNIX.