Unterschiede

Hier werden die Unterschiede zwischen zwei Versionen gezeigt.

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de:services:application_services:jupyter:start [2019/10/07 14:50]
bwegman1 [Installation von größeren Python Modulen und Disk Space]
de:services:application_services:jupyter:start [2019/12/11 08:49] (aktuell)
bbrauns [Benutzung]
Zeile 38: Zeile 38:
   * jupyter.gwdg.de ist nicht für kontinuierliche Berechnungen über mehrere Tage geeignet.   * jupyter.gwdg.de ist nicht für kontinuierliche Berechnungen über mehrere Tage geeignet.
  
 +=== Notebook startet nicht mehr nach Paketinstallation oder Update, Fehler 500 ===
 +
 +Sollte nach einem Upgrade von Paketen oder Installation neuer Pakete kein Notebook mehr startbar sein (Fehler 500), kann es helfen, im Terminal den Pfad ''​.local''​ umzubenennen:​
 +<code bash>
 +mv -v .local/ .local.gwdg-disable
 +</​code>​
 +Anschließend sollte der Notebook-Server neugestartet werden. Hierzu oben rechts auf "​Control Panel" - "Stop My Server"​ -> "My Server"​. Dadurch werden alle zusätzlich durch ''​pip''​ installierten Pakete deaktiviert. Das Notebook sollte sich dann wieder starten lassen.
 ==== Installation zusätzlicher Python Module ==== ==== Installation zusätzlicher Python Module ====
 Zusätzliche Python Module können über das Terminal und den Python package manager "​pip"​ installiert werden. Hierzu muss über das Menü "​New"​ -> "​Terminal"​ ein Terminal geöffnet werden. Anschließend wird mit <​code>​pip install --user <​module></​code>​ ein neues Modul in das Home-Verzeichnis installiert. Zusätzliche Python Module können über das Terminal und den Python package manager "​pip"​ installiert werden. Hierzu muss über das Menü "​New"​ -> "​Terminal"​ ein Terminal geöffnet werden. Anschließend wird mit <​code>​pip install --user <​module></​code>​ ein neues Modul in das Home-Verzeichnis installiert.
Zeile 52: Zeile 59:
 Der Präfix mit TEMP lässt pip diesen Ort für dieses eine Installation für temporäre Daten verwenden. Der Präfix mit TEMP lässt pip diesen Ort für dieses eine Installation für temporäre Daten verwenden.
  
-=== Notebook startet nicht mehr nach Paketinstallation oder Update, Fehler 500 === 
  
-Sollte nach einem Upgrade von Paketen oder Installation neuer Pakete kein Notebook mehr startbar sein (Fehler 500), kann es helfen, im Terminal den Pfad ''​.local''​ umzubenennen:​ 
-<code bash> 
-mv -v .local/ .local.gwdg-disable 
-</​code>​ 
-Dadurch werden alle zusätzlich durch ''​pip''​ installierten Pakete deaktiviert. Das Notebook sollte sich dann wieder starten lassen. 
 ==== Installation zusätzlicher Pakete per Conda in einem eigenen Environment ==== ==== Installation zusätzlicher Pakete per Conda in einem eigenen Environment ====
  
 Die Verwaltung von Softwarepaketen und Environments mit Conda erfolgt in einer Terminal-Sitzung des Notebook-Servers. Dazu muß nach der Anmeldung am Dienst eine Terminal über ''​New -> Terminal''​ gestartet werden. Die Verwaltung von Softwarepaketen und Environments mit Conda erfolgt in einer Terminal-Sitzung des Notebook-Servers. Dazu muß nach der Anmeldung am Dienst eine Terminal über ''​New -> Terminal''​ gestartet werden.
  
-Bevor mit ''​conda''​ gearbeitet wird, sollten die Conda-Funktionen geladen werden:+Bevor mit ''​conda''​ gearbeitet wird, sollten die Conda-Funktionen geladen werden ​(<​b>​Punkt am Anfang beachten!</​b>​):
 <code bash> <code bash>
-jovyan@bcbde100c399:​~$ ​. /​opt/​conda/​etc/​profile.d/​conda.sh+. /​opt/​conda/​etc/​profile.d/​conda.sh
 </​code>​ </​code>​
  
Zeile 74: Zeile 75:
 Erstellen und Aktivieren des Environments:​ Erstellen und Aktivieren des Environments:​
 <code bash> <code bash>
-jovyan@bcbde100c399:​~$ ​conda create -y --prefix ./​wikidoku +conda create -y --prefix ./​wikidoku 
-jovyan@bcbde100c399:​~$ ​conda activate ./wikidoku+conda activate ./wikidoku
 </​code>​ </​code>​
-Das nun aktivierte Environment ​wird dem Notebook-Server bekannt gemacht. ​''​--name''​ und ''​--display-name''​ können frei gewählt ​werden, letzteres wird später in der Auswahl des Notebooks angezeigt. Der zweite Befehl listet alle bekannten Environments auf.+ 
 +Als nächstes ​wird beispielhaft das Paket ''​jinja2'' ​installiert. An dieser Stelle kann nun beliebig Software aus beliebigen Conda-Channels installiert ​werden.
 <code bash> <code bash>
-jovyan@bcbde100c399:​~$ python -m ipykernel ​install --user --name wikidoku --display-name "​Python (wikidoku)"​ +conda install -y jinja2
-jovyan@bcbde100c399:​~$ jupyter kernelspec list+
 </​code>​ </​code>​
-Sollte die Installation des Kernels mit der Fehlermeldung abbrechen ​''​/​usr/​bin/​python:​ No module named ipykernel''​, dann muß zuerst das ''​jupyter''​-Module ​in dem aktuellen ​Environment ​installiert werden:+ 
 +Das nun aktivierte Environment wird dem Notebook-Server bekannt gemacht. ​''​--name'' ​und ''​--display-name'' ​können frei gewählt werden, letzteres wird später ​in der Auswahl des Notebooks angezeigt. Der zweite Befehl listet alle bekannten Environments auf.  Abschließend wird das Environment ​verlassen.
 <code bash> <code bash>
-jovyan@bcbde100c399:​~$ python ​-m pip install jupyter+python3 ​-m ipykernel ​install ​--user --name wikidoku --display-name "​Python (wikidoku)"​ 
 +jupyter ​kernelspec list 
 +conda deactivate
 </​code>​ </​code>​
  
-Als nächstes wird beispielhaft ​das Paket ''​jinja2'' ​installiert. An dieser Stelle kann nun beliebig Software aus beliebigen Conda-Channels ​installiert werden. Abschließend wird das Environment verlassen.+Sollte die Installation des Kernels mit der Fehlermeldung abbrechen ''/​usr/​bin/​python:​ No module named ipykernel'',​ dann muß zuerst ​das ''​jupyter''​-Module in dem aktuellen Environment ​installiert werden:
 <code bash> <code bash>
-jovyan@bcbde100c399:​~$ conda install ​-y jinja2 +python3 ​-m pip install jupyter
-jovyan@bcbde100c399:​~$ conda deactivate+
 </​code>​ </​code>​
  
Zeile 108: Zeile 111:
 Danach erfolgt die Installation der Kernels, des ''​jupyter''​-Moduls für den Kernel und abschließend wird der neue Kernel für den Notebook-Server aktiviert: Danach erfolgt die Installation der Kernels, des ''​jupyter''​-Moduls für den Kernel und abschließend wird der neue Kernel für den Notebook-Server aktiviert:
 <code bash> <code bash>
-jovyan@bcbde100c399:​~$ ​conda install -y python=2.7 +conda install -y python=2.7 
-jovyan@bcbde100c399:​~$ ​python -m pip install jupyter +python -m pip install jupyter 
-jovyan@bcbde100c399:​~$ ​python -m ipykernel install --user --name oldpython --display-name "​Python 2.7 (oldpython)"​+python -m ipykernel install --user --name oldpython --display-name "​Python 2.7 (oldpython)"​
 </​code>​ </​code>​
  
Zeile 118: Zeile 121:
 import sys import sys
 print (sys.version) print (sys.version)
 +</​code>​
 +
 +=== Environment entfernen ===
 +
 +Um ein Environment zu entfernen, wird es vom Notebook-Server abgemeldet und dann die zugehörigen Dateien gelöscht (optional, aber empfohlen).
 +
 +<code bash>
 +jupyter kernelspec list
 +jupyter kernelspec remove wikidoku
 +rm -rf ./wikidoku
 </​code>​ </​code>​
  
Zeile 147: Zeile 160:
  
 <​code>​ <​code>​
-jovyan@0d5793127e96:​~$ ​ls mynotebooks/​+ls mynotebooks/​
 myfile.txt myfile.txt
-jovyan@0d5793127e96:​~$ ​rsync -av ~/​mynotebooks/​ bbrauns@login.gwdg.de:/​usr/​users/​bbrauns/​mynotebooks/​+rsync -av ~/​mynotebooks/​ bbrauns@login.gwdg.de:/​usr/​users/​bbrauns/​mynotebooks/​
 bbrauns@login.gwdg.de'​s password: bbrauns@login.gwdg.de'​s password:
 sending incremental file list sending incremental file list