Unterschiede

Hier werden die Unterschiede zwischen zwei Versionen gezeigt.

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de:services:application_services:jupyter:start [2019/10/07 14:50]
bwegman1 [Installation von größeren Python Modulen und Disk Space]
de:services:application_services:jupyter:start [2019/10/08 14:34]
bwegman1
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 Die Verwaltung von Softwarepaketen und Environments mit Conda erfolgt in einer Terminal-Sitzung des Notebook-Servers. Dazu muß nach der Anmeldung am Dienst eine Terminal über ''​New -> Terminal''​ gestartet werden. Die Verwaltung von Softwarepaketen und Environments mit Conda erfolgt in einer Terminal-Sitzung des Notebook-Servers. Dazu muß nach der Anmeldung am Dienst eine Terminal über ''​New -> Terminal''​ gestartet werden.
  
-Bevor mit ''​conda''​ gearbeitet wird, sollten die Conda-Funktionen geladen werden:+Bevor mit ''​conda''​ gearbeitet wird, sollten die Conda-Funktionen geladen werden ​(<​b>​Punkt am Anfang beachten!</​b>​):
 <code bash> <code bash>
-jovyan@bcbde100c399:​~$ ​. /​opt/​conda/​etc/​profile.d/​conda.sh+. /​opt/​conda/​etc/​profile.d/​conda.sh
 </​code>​ </​code>​
  
Zeile 74: Zeile 74:
 Erstellen und Aktivieren des Environments:​ Erstellen und Aktivieren des Environments:​
 <code bash> <code bash>
-jovyan@bcbde100c399:​~$ ​conda create -y --prefix ./​wikidoku +conda create -y --prefix ./​wikidoku 
-jovyan@bcbde100c399:​~$ ​conda activate ./wikidoku+conda activate ./wikidoku
 </​code>​ </​code>​
-Das nun aktivierte Environment ​wird dem Notebook-Server bekannt gemacht. ​''​--name''​ und ''​--display-name''​ können frei gewählt ​werden, letzteres wird später in der Auswahl des Notebooks angezeigt. Der zweite Befehl listet alle bekannten Environments auf.+ 
 +Als nächstes ​wird beispielhaft das Paket ''​jinja2'' ​installiert. An dieser Stelle kann nun beliebig Software aus beliebigen Conda-Channels installiert ​werden.
 <code bash> <code bash>
-jovyan@bcbde100c399:​~$ python -m ipykernel ​install --user --name wikidoku --display-name "​Python (wikidoku)"​ +conda install -y jinja2
-jovyan@bcbde100c399:​~$ jupyter kernelspec list+
 </​code>​ </​code>​
-Sollte die Installation des Kernels mit der Fehlermeldung abbrechen ​''​/​usr/​bin/​python:​ No module named ipykernel''​, dann muß zuerst das ''​jupyter''​-Module ​in dem aktuellen ​Environment ​installiert werden:+ 
 +Das nun aktivierte Environment wird dem Notebook-Server bekannt gemacht. ​''​--name'' ​und ''​--display-name'' ​können frei gewählt werden, letzteres wird später ​in der Auswahl des Notebooks angezeigt. Der zweite Befehl listet alle bekannten Environments auf.  Abschließend wird das Environment ​verlassen.
 <code bash> <code bash>
-jovyan@bcbde100c399:​~$ python ​-m pip install jupyter+python3 ​-m ipykernel ​install ​--user --name wikidoku --display-name "​Python (wikidoku)"​ 
 +jupyter ​kernelspec list 
 +conda deactivate
 </​code>​ </​code>​
  
-Als nächstes wird beispielhaft ​das Paket ''​jinja2'' ​installiert. An dieser Stelle kann nun beliebig Software aus beliebigen Conda-Channels ​installiert werden. Abschließend wird das Environment verlassen.+Sollte die Installation des Kernels mit der Fehlermeldung abbrechen ''/​usr/​bin/​python:​ No module named ipykernel'',​ dann muß zuerst ​das ''​jupyter''​-Module in dem aktuellen Environment ​installiert werden:
 <code bash> <code bash>
-jovyan@bcbde100c399:​~$ conda install ​-y jinja2 +python3 ​-m pip install jupyter
-jovyan@bcbde100c399:​~$ conda deactivate+
 </​code>​ </​code>​
  
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 Danach erfolgt die Installation der Kernels, des ''​jupyter''​-Moduls für den Kernel und abschließend wird der neue Kernel für den Notebook-Server aktiviert: Danach erfolgt die Installation der Kernels, des ''​jupyter''​-Moduls für den Kernel und abschließend wird der neue Kernel für den Notebook-Server aktiviert:
 <code bash> <code bash>
-jovyan@bcbde100c399:​~$ ​conda install -y python=2.7 +conda install -y python=2.7 
-jovyan@bcbde100c399:​~$ ​python -m pip install jupyter +python -m pip install jupyter 
-jovyan@bcbde100c399:​~$ ​python -m ipykernel install --user --name oldpython --display-name "​Python 2.7 (oldpython)"​+python -m ipykernel install --user --name oldpython --display-name "​Python 2.7 (oldpython)"​
 </​code>​ </​code>​
  
Zeile 118: Zeile 120:
 import sys import sys
 print (sys.version) print (sys.version)
 +</​code>​
 +
 +=== Environment entfernen ===
 +
 +Um ein Environment zu entfernen, wird es vom Notebook-Server abgemeldet und dann die zugehörigen Dateien gelöscht (optional, aber empfohlen).
 +
 +<code bash>
 +jupyter kernelspec list
 +jupyter kernelspec remove wikidoku
 +rm -rf ./wikidoku
 </​code>​ </​code>​
  
Zeile 147: Zeile 159:
  
 <​code>​ <​code>​
-jovyan@0d5793127e96:​~$ ​ls mynotebooks/​+ls mynotebooks/​
 myfile.txt myfile.txt
-jovyan@0d5793127e96:​~$ ​rsync -av ~/​mynotebooks/​ bbrauns@login.gwdg.de:/​usr/​users/​bbrauns/​mynotebooks/​+rsync -av ~/​mynotebooks/​ bbrauns@login.gwdg.de:/​usr/​users/​bbrauns/​mynotebooks/​
 bbrauns@login.gwdg.de'​s password: bbrauns@login.gwdg.de'​s password:
 sending incremental file list sending incremental file list